1、形态不同。
柑橘大实蝇：前翅上没有鬃，肩板上没有鬃中对；雄成虫的腹部第五块腹板后方向内凹陷；雌成虫的产卵管针突的长度在3.6cm左右，末端呈尖锐状。雌成虫产卵管基节较长，大约与第2-5节背板的等长；
柑橘小实蝇：头黄色或黄褐色，中颜板具圆形黑色颜面板1对，中胸背板大部黑色，缝后黄色侧纵条1对，伸达内后翅上鬃之后；肩胛、背侧胛完全黄色。足大部分黄色，后胫节通常为褐色至黑色，中足胫节具一红褐色端距。腹部棕黄色至锈褐色。第二背板的前缘有一黑色狭纵色，自第三背板的前缘直达腹部末端。组成“T”形斑。
2、繁衍情况不同。
柑橘大实蝇：每年发生一代，以成虫产卵于果实中进行为害，常温下，2-4天即可孵化，卵孵化为1龄幼虫之后，幼虫由果皮钻进果实内部取食，待发育到2龄幼虫、3龄老熟幼虫后，即从危害果实内钻出进入沙土内化蛹，钻入沙土约为5-10厘米深，直至翌年四月气候回暖，蛹从土壤中羽化为成虫，成虫再次产卵，孵化为幼虫，幼虫化踊，蛹再羽化，生命周而复始，延续了物种的存在；
柑橘小实蝇：每年发生3～5代，在有明显冬季的地区，以蛹越冬，而在冬季较暖和的地区则无严格越冬过程，冬季也有活动。生活史不整齐，各虫态常同时存在。广东全年均有成虫出现，5～10月发生量大。
3、分布地区不同。
柑橘大实蝇：主要分布在贵州、四川、云南、湖南、湖北、广西、安徽等国内地区，以及印度、不丹、日本和越南等国外地区；
柑橘小实蝇：主要分布于四川、广东、广西、福建、湖南、云南和台湾等地区。
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